1943

Sau khi hoàn tất việc chạy thử máy huấn luyện tại các vùng biển ngoài khơi New London, Connecticut và Newport, Rhode Island, Muskallunge chuẩn bị để được điều động sang khu vực Mặt trận Thái Bình Dương. Nó khởi hành từ Căn cứ Tàu ngầm Hải quân New London, băng qua kênh đào Panama và đi đến Trân Châu Cảng vào ngày 7 tháng 8, 1943. Tại vùng biển quần đảo Hawaii, nó tham gia vào việc thừ nghiệm những ngư lôi Kiểu 14 mà tàu ngầm chị em Tinosa (SS-283) mang trở về sau chuyến tuần tra, khi nhiều đã đã đánh trúng mục tiêu mà không kích nổ hay chạy loạn xạ mất phương hướng.[14] Muskallunge đã phóng ba quả ngư lôi vào vách đá tại bờ biển đảo Kahoolawe, hai trong số chúng đã kích nổ; quả thứ ba được vớt để kiểm tra, và phát hiện ra khiếm khuyết trong cơ cấu kích hoạt ngòi nổ tiếp xúc, điều khiến cho ngư lôi Kiểu 14 kém hiệu quả tác chiến trong suốt một năm rưỡi đầu tiên của cuộc chiến tranh.[1]

Chuyến tuần tra thứ nhất

Rời Trân Châu Cảng vào ngày 7 tháng 9 cho chuyến tuần tra đầu tiên tại khu vực quần đảo Palau, Muskallunge mang theo kiểu ngư lôi điện lần đầu tiên được phóng từ một tàu ngầm Hoa Kỳ. Trong hai lượt tấn công, nó đã gây hư hại cho một tàu chở hành khách và một tàu buôn, rồi quay trở về Trân Châu Cảng vào ngày 25 tháng 10.[1]

Chuyến tuần tra thứ hai

Trong chuyến tuần tra thứ hai từ ngày 27 tháng 11 đến ngày 21 tháng 1, 1944, Muskallunge hoạt động tại khu vực Tây quần đảo Caroline và phía Nam đảo Guam. Nó đã phóng ngư lôi đánh trúng vầ gây hư hại cho một tàu chở dầu và hai tàu buôn. Sau khi kết thúc chuyến tuần tra tại Trân Châu Cảng, nó tiếp tục quay về vùng bờ Tây để được đại tu tại Xưởng hải quân Mare Island.[1]

1944

Chuyến tuần tra thứ ba

Hoàn tất công việc trong xưởng tàu, Muskallunge đi đến Trân Châu Cảng và lên đường vào ngày 30 tháng 4 cho chuyến tuần tra thứ ba. Vào tháng 6, nó tham gia cùng tám tàu ngầm khác trong hoạt động tuần tra nhằm đánh chặn hạm đội đối phương đang hướng đến khu vực quần đảo Mariana, gián tiếp góp phần vào thắng lợi của Trận chiến biển Philippine. Nó kết thúc chuyến tuần tra khi đi đến Fremantle, Australia vào ngày 4 tháng 7.[1]

Chuyến tuần tra thứ tư và thứ năm

Rời Fremantle vào ngày 1 tháng 8, Muskallunge cùng với tàu ngầm chị em Flier (SS-250) hướng sang khu vực biển Đông cho chuyến tuần tra thứ tư. Ngoài khơi Đông Dương thuộc Pháp vào ngày 21 tháng 8, nó đã phóng ngư lôi đánh chìm chiếc tàu chở hành khách Durban Maru (7.163 tấn), và sau đó bị những tàu hộ tống phản công với nhiều quả mìn sâu. Chiếc tàu ngầm quay về Fremantle vào ngày 22 tháng 9 để được tái trang bị.[1]

Trong chuyến tuần tra thứ năm tiếp theo từ ngày 19 tháng 10 đến ngày 14 tháng 12 tại phía Tây eo biển Palawan, không bắt gặp mục tiêu nào phù hợp. Nó quay về Trân Châu Cảng để kết thúc chuyến tuần tra, rồi khởi hành vào ngày 16 tháng 12 để đi sang vùng bờ Tây, và tiếp tục được đại tu tại Xưởng hải quân Mare Island.[1]

1945

Chuyến tuần tra thứ sáu

Sau khi quay trở lại Trân Châu Cảng vào ngày 9 tháng 4, 1945, Muskallunge khởi hành vào ngày 26 tháng 4 cho chuyến tuần tra thứ sáu tại vùng biển ngoài khơi Đài Loan. Nó chủ yếu làm nhiệm vụ tìm kiếm và giải cứu hỗ trợ cho các cuộc không kích xuất phát từ Philippines xuống các mục tiêu tại Đài Loan và Trung Quốc. Sau khi hoàn thành nhiệm vụ, nó đi ngang qua Saipan để quay trở về căn cứ Midway, đến nơi vào ngày 15 tháng 6.[1]

Chuyến tuần tra thứ bảy

Chuyến tuần tra thứ bảy, cũng là chuyến cuối cùng, bắt đầu vào ngày 30 tháng 7, khi Muskallunge khởi hành để hướng sang vùng biển quần đảo Kuril phía Bắc Nhật Bản. Vào ngày 8 tháng 8, nó tấn công nhiều tàu nhỏ trong hoàn cảnh sương mù, gây hư hại cho hai chiếc; tuy nhiên hỏa lực bắn trả của đối phương đã khiến một thủy thủ tử trận và hai người khác bị thương. Sau khi Nhật Bản chấp nhận đầu hàng vào ngày 15 tháng 8 giúp chấm dứt vĩnh viễn cuộc xung đột, nó được lệnh đi đến vịnh Tokyo, và đã chứng kiến lễ ký kết chính thức văn kiện đầu hàng trên thiết giáp hạm Missouri (BB-63) vào ngày 2 tháng 9.[1]

Sang ngày hôm sau, Muskallunge lên đường quay trở về vùng bờ Đông ngang qua Trân Châu Cảng và kênh đào Panama. Về đến Căn cứ Tàu ngầm Hải quân New London, nó hoạt động cùng Hạm đội Đại Tây Dương cho đến khi được cho xuất biên chế vào ngày 29 tháng 1, 1947,[1][12][13] và được đưa về Hạm đội Đại Dự bị Tây Dương.

Humaitá (S14)

Được cho tái biên chế trở lại vào ngày 31 tháng 8, 1956, Muskallunge được tân trang và hiện đại hóa; rồi xuất biên chế vào ngày 18 tháng 1, 1957 đồng thời chuyển giao cho Brazil trong khuôn khổ Chương trình Viện trợ Quân sự. Con tàu phục vụ cùng Hải quân Brazil như là chiếc Humaitá (S14), tên được đặt theo trận chiến Hành lang Humaitá trong cuộc Chiến tranh Paraguay, cho đến khi được hoàn trả cho Hoa Kỳ vào tháng 3, 1968.[1][12][13] Tên nó được cho rút khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân Hoa Kỳ trước đó vào ngày 1 tháng 12, 1967,[12] và con tàu bị đánh chìm như một mục tiêu ngoài khơi Long Island, New York vào ngày 9 tháng 7, 1968.[1][12][13]